Karrieren startede som embedsmand, hvor Peter Mogensen som cand.oecon hurtigt steg gennem rækkerne først i Finansministeriet og siden endte som rådgiver for Poul Nyrup Rasmussen i Statsministeriet.

Et år før Socialdemokraternes valgnederlag i 2001 forlod Peter Mogensen imidlertid embedsværket for at gå konsulentvejen i Accenture, hvor han op gennem nullerne arbejdede sig til en status som partner. Noget han ifølge Berlingske har betegnet som noget af det, han er mest stolt af i karrieren.

Alligevel strøg han i 2007 væk fra rådgiver-rollen på sidelinjen og kom ind i projektørernes lys, da han fra 2007 blev kendt som politisk kommentator. Først på Information og senere på Politiken. Mest af alt dog gennem ’Mogensen og Kristiansen’ på TV 2 News, hvor han med sin fortid som spindoktor for Nyrup Rasmussen står på den røde side af bordet over for ’Dr. Blå’ i form af Anders Fogh Rasmussens tidligere spindoktor Michael Kristiansen, når ugens begivenheder bliver analyseret.

I dag, hvor Peter Mogensen fylder 50 år, indtager han stadig rollen på TV 2 News, hvor han sammen med Kristiansen også er en del af programmet 'Tirsdagsanalysen'. Siden 2011 har han desuden været direktør i tænketanken Kraka, hvor han sammen med et hold økonomer laver analyser om bl.a. velfærd.